根据我的经验,你最好不要告诉部长
1、留下遇事不能自己解决，喜欢上交问题的印象。相信我如果长期如此，会有人向部长反映情况的，如果部长问起你时，你也要说可能是副部长想让我多锻炼，不过我比较缺乏经验，真的很想向他学习之类的话。
2、如果部长对此有所耳闻，万一他也管不了（比如副部长有靠山），你的问题不是让他难堪吗?
3、让你自己上课也没什么不好，现在网络资源非常丰富，自己多学多问，人很多情况下是被逼出来的，你要对自己有信心，只要自己认真花心思，学生喜欢就没问题，再说年轻人有年轻人的优势，我觉得这样对你的成长帮助更直接。
4、作为新人，说话办事一定要小心谨慎，你谁也得罪不起，直到你自己站稳脚跟的那一天。你现在就很好，知道上网问一下，说明你自己隐约觉得有些不妥，遇事多想想，不要怕吃亏，对于新人吃亏绝对是福，欢迎你有问题联络我。
以下针对你的补充问题：
1、你身边的同事和你一样，还处在就事论事的年纪，如果真的发生了那种情况，那到正好是解决这个问题的突破点，作为一个新人，情况是明摆着的，何况还有那么多学生给你作证，不怕说不清楚，作为领导处理这件事绝对副部长是第一责任人，你胜在是新人没什么好怕的。
2、你有这样的担心说明你对自己还缺乏信心，与其提心吊胆，不如置之死地而后生，发奋把课上好，更何况你的处境还没那么遭。
3、其实你可以私底下（只有你和副部长两人时），向副部长诚恳地说出你的担心，问问他的授课计划和安排，也可以多向学生了解一下以前的情况和现在的反响。
4、不知道你的实习期是多长，这件事不会无限期拖延下去，总有解决的一天，副部长也许就是看透了，所以才想能歇一天是一天。
你的担心有道理，你担心发生的结果不会比得罪人更糟糕，人是最复杂的，有些人可以改变你的道路，绝对不能简单去直接向部长说，再说这也是最差的解决问题的方式，象小学生打小报告，对你的影响很不好，记住我的话！